A Estrututa orgânica do Centro compreende os Seguintes órgãos:
O Conselho de Administração é constituído por quatro elementos, sendo dois em representação do IEFP e dois da CGTP-IN.
O Director
O Conselho Técnico-Pedagógico é constituido pelo Director e por um representante de cada outorgante
O Conselho de Fiscalização é constituido por um representante de cada outorgante